Die Herkunft des Ortsnamens Kirchschlag wird oft fälschlicherweise mit einer Kirche am Schlag gedeutet. In Wirklichkeit besagt der Name, dass die zur Ortsgründung notwendige Schlägerung eines Waldgebietes auf Initiative der Kirche erfolgte. Konkret war dies hier das oberösterreichische Stift Reichersberg, von dem aus beginnend 1144 in der Buckligen Welt insgesamt 20 Patronatspfarren eingerichtet wurden. Die Gründung von Kirchschlag mit einer dem Hlg. Johannes dem Täufer geweihten Taufkirche wird um 1170 angenommen.
(Im Bild die älteste bekannte Ansicht von Kirchschlag auf einem Stich von Georg Matthäus Vischer, 1672)
Bereits um 1180 begann zur Sicherung des Grenzlandes gegen ständig drohende Einfälle der Magyaren der steirische Adelige Herrand von Wildon mit der Erbauung der Burg Kirchschlag. Durch Heirat seiner Enkelin gelangte die Herrschaft Kirchschlag 1240 an das Geschlecht der Kuenringer. Infolge des Streites zwischen dem Böhmenkönig Ottokar II. und dem Ungarnkönig Bela IV. um das Erbe der 1246 ausgestorbenen Babenberger fiel Kirchschlag nach zwei Belagerungen 1254 an Ungarn und kam erst 1260 wieder an die Kuenringer zurück. Um 1300 wurde Kirchschlag an die Pottendorfer veräußert. Etwa zur gleichen Zeit erfolgte die Erhebung zur Marktgemeinde.
Christoph von Pottendorf war Stifter der heutigen Pfarrkirche, mit deren Bau um 1460 begonnen wurde. Nach dem Aussterben der Pottendorfer waren ab 1488 die aus Oberösterreich stammenden Puchheimer die neuen Herren von Kirchschlag, das sowohl 1529 als auch anlässlich der Belagerung von Güns 1532 von türkischen Raubscharen heimgesucht wurde. Diese konnten zwar nicht die Burg und den durch eine Ringmauer geschützten Inneren Markt erobern, richteten aber an ungeschützt außerhalb gelegenen Gebäuden schwere Schäden an und begingen Plünderungen.
1550 verlieh König Ferdinand I. an Kircshchlag das Recht zur Abhaltung eines Wochenmarktes. Nachdem die Herrschaft 1562 an Erasmus von Puchheim gefallen war, der ausschließlich auf seiner zu einem Renaissanceschloß umgestalteten Burg Krumbach lebte, war die Burg Kirchschlag allmählich dem Verfall preisgegeben. Maßgebend dafür war auch, dass die Burg aufgrund der Entwicklung neuzeitlicher Geschütze nicht mehr den Anforderungen eines modernen Festungsbaues entsprach, wodurch ihr Beschuss vom nahen Hutkogel leicht möglich gewesen wäre. Auch ließ der im Dreißigjährigen Krieg erfolgreiche kaiserliche Feldmarschall Christoph III. von Puchheim 1651 auf dem Hauptplatz das Hofhaus errichten, worauf die Burg fortan unbewohnt blieb.
Mit seinem Tod fiel Kirchschlag nach Erbstreitigkeiten 1657 an seinen Neffen Graf Nikolaus IV. von Palffy. In den Napoleonischen Kriegen blieb Kirchschlag zwar von Kampfhandlungen verschont, erlitt aber 1805 und 1809 durch die Einquartierung von jeweils mehreren hundert französischen Soldaten großen finanziellen Schaden. Die 1807 in den Fürstenstand erhobenen Palffys blieben bis zu der im Zuge der Revolution 1848 erfolgten Aufhebung des Untertanenverhältnisses die Grundherren von Kirchschlag. Erwähenswert ist die 1816-1818 durch Fürst Josef Franz Palffy errichtete "Palffy-Straße" von Grimmenstein über Krumbach nach Kirchschlag, welche wesentlich zur besseren Erschließung des abgeschiedenen Gebietes beitrug. Nach Aufhebung der Grundherrschaft verlor die Familie Palffy das Interesse am Besitz der Burg Kirchschlag, wodurch diese nach merhmaligen Wechsel schließlich 1905 in den Besitz der Kirchschlager Marktgenossenschaft gelangte.
In der 2. Hälfte des 19. Jahrhunderts hat sich die blühende Lage des heimischen Gewerbes infolge der zunehmenden Industrialisierung wesentlich verschlechtert. Dafür erlebte Kirchschlag in dieser zeit sowohl im öffentlichen Bereich wie auch im kulturellen Leben fortschrittliche Veränderungen. So machte zunächst die Aufhebung der Grundherrschaft eine Neuordnung des Behördenswesens notwendig. Im Juli 1850 konstituierte sich die neue Ortsgemeinde mit Johann Müller als erstem Bürgermeister sowie Anton Summer und Josef Kindl als Gemeinderäte.
Neu war auch die Schaffung eines Bezirksamtes, das die Aufgaben einer Bezirkshauptmannschaft und eines Bezirksgerichtes in sich vereinigte, zu dessen Leiter (Bezirksvorsteher) der frühere herrschaftliche Justitiar auf Schloß Krumbach Eduard Ruef ernannt wurde. Mit der 1867 in Österreich erfolgten Gewaltenteilung von Gesetzgebung, Verwaltung und Gerichtsbarkeit wurden die Bezirksänter aufgelöst und war kirchchlag in der Folge Sitz eines Bezirksgerichtes, bis dieses im Zuge der Verwaltungsreform 1991 geschlossen wurde.
1855 erhielt Kirchschlag ein Postamt und es wurde damit auch für den Personenverkehr eine täglich Verbindung mit dem Poststellwagen nach Wiener Neustadt und zurück geschaffen. 1866 wurde auf Initiative von Notar Cornelius Reischl der "Liederkranz" ins Leben gerufen, aus dem später der Männergesangsverein hervorging. Die Gründung der Sparkasse Kirchschlag erfolgte 1872. Vorsitzender Direktion wurde der damalige Bürgermeister und Gemeindearzt Ernst Zickero.
1874 bildeten die Gastwirte Anton Lepold und Alois Hönig gemeinsam mit dem Notariatsbeamten Clement Thanhauser die Freiwillige Feuerwehr Kirchschlag, welche bei zahlreichen Bränden und Überschwemmungen ihre Tüchtigkeit unter Beweis stellte. Eine einfache Rot-Kreuz-Versorgung erfolgte auf Betreiben des Gemeindearztes Dr. Truksa ab Beginn des 20. Jahrhunderts, eine eigene Ortsstelle wurde aber erst 1952 geschaffen.
1897 wurde die Raiffeisenkasse Kirchschlag gegründet. Ihr erster Obmann war Pfarrer Johann Wiesinger, der sich auch durch die Erbauung eines neuen Pfarrhofes und die westliche Erweiterung des Friedhofes Verdienste erwarb. Im Kaiser-Jubiläumsjahr 1898 wurde - wie vielerorts in der Monarchie - am Zöbernbach ein neues Schulhaus eröffnet. Im Jahr darauf folgte das Bezirks-Armenhaus am Reißenbach, dessen Gebäude 1924 in eine landwirtschaftliche Lehranstalt umgewandelt wurde und ab 1939 als Hauptschule diente.
Eine große Annehmlichkeit stellte für den Ort die 1904 erfolgte Fertigstellung des Wasserleitungsnetzes dar. Im I. Weltkrieg (1914-1918) traf der Mangel an Lebensmitteln die Zivilbevölkerung schwer. Im Zuge der Pflicht zur Ablieferung aller Metallgegenstände als Rohmaterial für die Waffenproduktion wurden deshalb anfangs 1917 auch vier Glocken der Pfarrkirche abtransportiert. Nebst zahlreichen Verwundeten hatte Kirchschlag 23 Kriegsgefallene zu beklagen. Das Kriegsende 1918 brachte Kirchschlag aber noch keine Ruhe. Im Friedensvertrag von Trianon 1920 wurden Österreich Teile Westungarns (das heutige Burgenland) zugesprochen. Bewaffnete ungarische Freischärler versuchten die Übernahme dieses Landesteiles durch die österreichische Gendarmerie zu verhindern. Dabei kam es am 5.9.1921 nahe der Landesgrenze beim Cholerakreuz (ca. 2 km südöstlich von Kirchschlag) zu einem Angriff der übermächtigen Freischärler, worauf sich die Gendarmeriepatrouille an den Ortsbeginn von Kirchschlag zurückzog. Nach einem neuerlichen Gefecht griffen Soldaten des Infaterieregiments Nr. 5 mit einer Maschinengewehrstellung am Tribamer-Riegel in die Kämpfe ein und schlugen die vordringenden Ungarn zurück. Bei den Gefechten starben 10 österreichische Soldaten, 17 weitere wurden verletzt.
Die Kirchschlager Wirtschaft bemühte sich um die Belebung des schon Ende des 19. Jahrhunderts begonnenen Fremdenverkehrs. Dieses Bestreben wurde durch den vom Journalisten und Maler Otto Pfeiffer begründeten Verschönerungsverein mit der Anlage von Spazierwegen und der Gestaltung des Ortsbildes unterstützt.
Über ein besonderes Ereignis wussten die Blätter für die Heimatkunde von Kirchschlag 1927 zu berichten, womit wir heute als Selbstverständlichkeit leben:
"Kirchschlag elektrisch. Ein Meilenstein in der Geschichte Kirchschlags ist der 9. April 1927, an welchem Tage die elektrische Beleuchtung in Betrieb gesetzt wurde. Eine gewaltige Menschenmenge erfüllte um 8 Uhr abends den Marktplatz und lauschte den Worten des Bürgermeisters Baumeister Johann Kaltenegger, der den langen Weg bis zum Gelingen schilderte. Dann ertönte ein Trompetensignal und der Marktplatz erstrahlte im Licht dreier tausendkerziger Lampen..."
Die Infrastruktur Kirchschlags verbesserte sich auch durch die Bemühungen des Bürgermeisters Kaltenegger, womit er den Ausbau der Bundesstraße nach Grimmenstein erreichte, sowie die Errichtung des Schwimmbades am Reißenbach. Auch die Kirche war bemüht, der allgemeinen Not zu begegnen. Pfarrer Franz Füssl baute mit freiwilligen Helfern die alte Scheune des Pfarrhofes zu einer Veranstaltungshalle um und rief mit dem von HR Josef Neumair verfassten Textbuch und der Mitwirkung seiner Pfarrgemeinde als Laiendarsteller 1932 die Kirchschlager Passionsspiele ins Leben, die sich auch heute noch, dargeboten in der 1959 eröffneten neuen Passionsspielhalle, großer Beliebtheit erfreuen.
Ein jähes Ende der sich zusehends konsolidierenden Situation brachte nach Österreichs Anschluß an Deutschland der Beginn des II. Weltkrieges im September 1939. Von den zur Wehrmacht eingezogenen Kirchschlagern kehrten 58 nicht mehr in ihre Heimat zurück. Zu Kriegsende flüchteten ab 25.3.1945 sowohl endlose Kolonnen an Zivilisten mit Pferdegespannen und Handwagen, wie auch Wehrmachtsangehörige in westliche Richtung durch Kirchschlag. Am Karfreitag, dem 30.3.1945, rückten russische Panzer, welche von Güns kommend kampflos die Reichsgrenze bei Kloster-Marienberg überquert hatten, über Oberpullendorf, Karl und Lembach sowie die alte Karlerstraße vor und besetzten Kirchschlag als ersten größeren Ort der damaligen Ostmark. Nur wenige deutsche Soldaten leisteten am Äußeren Markt kurz Widerstand. Drei Zivilisten sowie 17 Wehrmachtssoldaten kamen beim Einmarsch in Kirchschlag ums Leben. 13 Kirchschlager Häuser gingen in Flammen auf. Die Zivilbevölkerung, die in der Karwoche überwiegend nach Aigen und Stang geflüchtet war, kehrte wieder nach Kirchschlag zurück und begann mit den Aufräumungsarbeiten.
Not und Entbehrungen der Bevölkerung verbesserten sich aufgrund der schlechten Versorgung während den anschließenden 10 Jahren Besatzungszeit nur langsam. Durch zahlreiche Initiativen und ihren Fleiß haben die Kirchschlager, die sich nie unterkriegen ließen, aber auch diese schweren Zeiten gemeistert und heute kann die Gemeinde voll Stolz auf eine noch nie erlebte Blüte, eine florierende Wirtschaft und eine weitgehende Vollbeschäftigung ihrer Bürger blicken.
Am 12.12.2002 erfolgte im Niederösterreichischen Landtag die Beschlussfassung zur Stadterhebung von Kirchschlag unter Bürgermeister Franz Pichler-Holzer.